实施排放污染物许可证制度的基本程序是：排污申报登记、排污指标分配、审批发证和监督管理。
一、排污申报登记
1、办理流程
2、需提交的材料
（1）排污申报登记表（必须加盖公章）。
（2）环保审批以及环保验收材料复印件。
（3）工商营业执照或事业单位法人证书复印件。
（4）自来水水费发票或缴款通知单复印件（前12个月或开业以来的），如有使用地下水、温泉水、闽江水等自备水的也要申报相应票据复印件。
（5）前四季度监测报告（废水、昼噪、夜噪、废气）；未监测的项目，应当与监测部门联系，并提供监测安排通知单复印件。
（6）污水已接入污水处理厂的，需提供市政管理部门出具的接管证明。
3、审核权限
市环保局负责审核市本级监督管理的直接或间接向环境排放废水、废气、固体废物、噪声及其它污染物的企业事业单位、个体工商户及其它经济组织。
4、审核时限
排污申报登记审核时限为5个工作日。
二、排污许可证核发
1、办理流程
2、需提交的材料
（一）办证单位须提供：
（1）登录福州市环保局网上申报系统，注册新用户并填写企业基本情况
网址：http://www.fzepb.gov.cn/shenbao/default.asp
（2）排放污染物许可证申请表（加盖公章）
（3）经环保监察部门审核后的当年度的排污申报登记表。
（4）已经过环保审批未进行环保验收的，必须补办环保验收手续。
（5）前四季度监测报告（废水、昼噪、夜噪、废气）。
（6）上年度排污费交费单据。
以上材料齐全，污染物排放达标且近六个月来无群众投诉的，发给排污许可证，有效期限一年。污染物排放不达标或近六个月来有群众投诉的，发给临时排污许可证，有效期限一年。
（二）换证单位须提供：
（1）填写排放污染物许可证申请表并盖公章。
（2）经环保监察部门审核后的当年度的排污申报登记表。
（3）若单位名称、法人、经营范围变更的需要提供变更后的工商营业执照或事业单位法人证书复印件。
（4）前四季度监测报告（废水、昼噪、夜噪、废气）。
（5）上年度排污费交费单据。
（6）上年度排污许可证（旧证）正本、副本。
以上材料齐全，污染物排放达标、近六个月来无群众投诉的，发给排污许可证，有效期限一年。污染物排放不达标或近六个月来有群众投诉的，发给临时排污许可证，有效期限一年。
3、排污许可证审批权限
市环保局负责核发市本级监督管理的直接或间接向环境排放废水、废气、固体废物、噪声及其它污染物的企业事业单位、个体工商户及其它经济组织《排放污染物许可证》或《排放污染物临时许可证》。
4、办结时限
排污许可证核发审批时限为5个工作日。