为进一步加强闽江流域水环境保护，改善流域水质，促进流域经济可持续发展，我市积极开展闽江流域福州段水环境综合整治工作，并每年都将整治工作列入当年的为民办实事项目，实行政府负责、部门联动、落实责任等措施，按序时进度实施流域项目整治，持续不断改善水环境质量，整治工作取得了明显成效，监测结果显示闽江福州段水质一直保持良好状况，2007年以来水质达标率一直保持在100％。
一、高起点规划，带动新一轮闽江流域综合整治
1、以科学发展观为统领，制定闽江流域整治规划
为了综合改善闽江流域福州段水环境质量，防治环境污染，保护生态环境，促进流域经济、社会的可持续发展，我市从2005年开始了新一轮的闽江流域综合整治。此轮整治，我市以科学发展观为指导，制定了《闽江流域福州段水环境保护规划》，规划范围包括闽江流域福州段内的26个乡镇，1条主干流、21条支流及城区内河。规划期限为2005－2010年，规划以水环境污染防治和生态保护为重点，重点阐述闽江流域福州段“十一五”期间水环境保护目标和工作任务，提出流域水环境保护重点工程项目意见实施规划的保证措施。
2、以提高水环境质量为核心，构建整治框架
闽江流域综合整治以提高水环境质量为核心，着力实施重点水源保护工程、工业污染控制工程、畜禽养殖污染控制工程、城镇环境基础设施建设工程、生态建设工程、循环经济试点工程、环境能力建设工程，实现闽江流域福州段水质持续改善，水环境功能区全面达到国家环境标准，集中式饮用水源地水质全面达标，环境污染和生态破坏趋势得到有效控制，树立国家环保模范城市的良好形象。
二、高标准整治，促进流域水质进一步提高
1、加强水质功能区环境管理，保障饮用水源安全
我市全面开展饮用水源地整治工作，重点抓好市区饮用水源地的整治，并着重整治供水能力占市区供水量60％的西北区水源地环境，确保西北区水源地水质稳定达到国家地表水Ⅱ标准，市区其他水源地水质均达到国家地表水Ⅲ类标准，达到集中式饮用水源水质达到功能要求的整治目标。一是分片负责、部门联动，大力清理整顿排污口。2006年共投入3400万元，开展了36项整治任务。完成了西北区水厂水源地北岸的甘洪路污水干管工程；取缔了取水口沿岸的砂石转运点、采砂船和各类码头；拆除水源保护区上游的6家畜禽养殖场；在水源保护区沿江两岸修建了隔离围墙。2007年又投入1.79亿元。搬迁西北区水厂取水口上游27户住户；全面清理拆除了水源地南岸沿岸的违章建筑；铺设上下店路污水管道接入金山污水处理厂。二是由各辖区政府负责作好水源地的环境卫生管理，并在水源保护区沿江岸修建了隔离围栏防止垃圾倾倒入江污染水源。三是清理整顿水源地的畜禽养殖场。投入230多万元拆除了西北区水源地上游的永丰村畜禽养殖场，搬迁了炎山水源保护区内的9家猪场，消除污染。我市还通过制定闽江下游排涝站闸门控制计划，利用潮汐涨落控制城区内河对水源保护区的影响。
2、实行行业污染治理，促进行业良性健康发展
我市加强工业企业的污染综合治理，对重点工业企业废水加强监督性监测，并加大重点污染企业的废水治理力度，实行分行业污染整治，加强对建陶行业、印染行业、再生纸造纸行业、工艺品行业、食品加工行业的污染治理，清理整顿小电镀行业，促进行业健康有序地发展。一是我市针对建陶行业的污染特点，结合产业结构调整和污染物减排工作，制定《建陶行业整治方案》，实施全行业的技术改造，对47家建陶企业废水、废气、粉尘进行全面治理，同时关闭了污染严重的11家多孔窑小建陶企业。通过整治，闽江支流梅溪的水质已全面好转，达到功能区水质标准。二是加大对印染企业的整治力度，制定整治时限，要求印染企业必须按时完成治理、废水达标排放，否则予以限产，在规定期限内仍不能稳定达标的予以关闭。通过近两年的整治，25家印染企业废水已全部实现达标排放，企业印染废水回用率已达到60％以上，并已全部安装视频监控装置，实现远程在线监控。三是开展造纸行业专项整治行动，对全市66家造纸企业逐一调查，对1家超标排污企业进行停产限期治理，关闭了5家违法排污企业。四是开展电镀行业专项整治，加大电镀行业污染治理力度，坚决取缔违法的电镀黑点，共取缔了30多家电镀加工点。为了进一步规范电镀行业管理，我市批准实施了《福州市电镀集控区规划》，设立了福清、长乐两个集控区。
3、坚决淘汰落后的生产工艺，对重污染企业实施搬迁。
我市结合产业结构调整，对污染严重、治理无望的企业坚决实施关闭，并通过城区污染企业的搬迁，加快老污染源的治理。已关闭闽侯合成氨厂、闽侯树脂助剂厂和福州电镀厂等污染企业，已搬迁了福州抗生素总厂、富成味精有限公司、福州机床厂等重污染企业。
4、加快城市污水处理基础设施建设，提高城市污水处理率。
市政府以创建国家环保模范城市为载体，不断完善市区污水处理基础设施建设。我市在原有5座污水处理厂的基础上又完成了祥坂污水处理厂（2.5万吨）扩容工程、动工建设洋里污水处理厂二期工程（10万吨/日）、连坂污水处理厂（10万吨/日）、快安污水处理厂（5万吨）扩建工程，目前市区污水处理能力达46.5万吨，生活污水处理率达79％。同时加快县级城市污水处理厂的建设，目前已建成了6座县级污水处理厂，已具备污水处理能力15万吨。并采用多种形式进行污水处理厂建设，按照“谁投资、谁收益”和“政府引导，市场运作”的原则，利用社会资金、推出社会公开招标招商等形式推动污水处理工程的建设，由过去主要由市级财政资金支持到近年采用BOT形式进行招投标建设。污水处理厂厂外管网建设均由市、县财政资金支持。积极推进厂外管网建设和截污工程，作到污水厂建成即可投入使用，同时还结合旧城改造，积极进行老城区的雨污管网建设，实施雨污分流，提高污水接驳率。
三、全面监控，建立科学高效的管理体制
1、强化组织领导机制。
为了强化对闽江流域福州段水环境综合整治工作的组织领导，市政府召开了全市闽江流域福州段水环境综合整治工作动员部署大会，成立以市长为组长的闽江流域（福州段）水环境综合整治领导小组，下设福州市闽江流域综合整治办公室。市政府研究批准了《闽江流域（福州段）水环境保护规划》，并每年下达年度综合整治计划，下发到沿江各相关县（市）区政府和部门，要求各相关县（市）区政府和部门加强组织领导、明确目标和责任、落实项目资金、建立长效管理机制，以保证各项任务的圆满完成。
2、强化环境监督管理机制。
我市严格执行建设项目环境影响评价、环保“三同时”和排污许可证制度，从源头控制污染；结合环保专项整治，严肃查处企业环境违法行为，坚决打击污染、威胁闽江流域（福州段）水环境的排污单位，深入开展饮用水源保护区整治、工业园区环境违法问题整治、影响群众健康污染严重的重点行业整治、历年挂牌督办环境问题的整治。针对水污染点源多、分布广，监控能力弱的特点，我市加强了环境监管能力信息化、现代化建设，结合点面管理，实行全方位实时监控，建立了福州市环境监控中心，并建立福州市环境安全应急事故处置系统，市、县两级均制定了应急预案，并指导重点排污单位做好引进污染事故处置的准备，组织了应急训练和演练。在全市开展有奖举报违法排污活动，充分调动全社会的力量，加强对水污染的监督。我市环保部门开展闽江流域水质同步监测，对水环境进行定期分析，定期公布流域水环境质量。
3、强化绩效考评机制
我市已将闽江流域综合整治计划列入县（市）区长环保目标责任书和绩效考核，对整治工作成绩突出的，将给予表彰奖励；对没有认真履行环保职责，没有完成整治任务，将给予通报批评；对造成闽江流域水环境污染，影响水质安全的，要坚决追究责任，确保闽江综合整治任务的圆满完成。